三、申请登记事项与房屋登记簿记载冲突的。
　　　　记载于房屋登记簿上的内容包括房屋基本状况、权利状况以及其他状况部分。且《办法》第四条规定，房屋登记簿是房屋权利归属和内容的根据，从法律上明确了登记簿的性质和地位。故申请登记的事项与房屋登记簿记载的房屋权利不冲突，这是房屋登记机构予以登记，将申请登记事项记载于房屋登记簿的必要条件之一，否则，房屋登记机构应当不予登记。
　　　　对同一房屋，如登记簿上已记载了房屋所有权，再申请该房屋所有权登记则不予办理；所有权“一物一权”不能设置有冲突的权利，已记载查封、异议登记的，则不能办理转移、抵押登记；已记载预告登记，未经预告登记的权利人书面同意的，不得进行转移和抵押登记。
　　　　四、申请登记房屋不能特定或者不具有独立利用价值的。
　　　　《物权法》第二条规定：“本法所称物权，是指权利人依法对特定的物享有直接支配和排他的权利”。物权的概念明确为“特定的物”的权利，所以对不特定的房屋申请登记的，登记部门不能予以登记。所谓“特定”，要满足三个基本条件：基本的界址点要确定、具备固定界限，要有独立利用价值。只有具备了上述条件的房屋才能予以登记。反之在空间位置上无法确定，没有明确具体的界限或地理坐标，就不能登记。
　　　　所谓“独立利用价值”，是指能登记的房屋必须能够独立进行使用。如某人想将自有一套房屋的卫生间作为一个独立的基本单元进行登记，这种情况应不予登记，因为成套住房通常由若干卧室、起居室及厨房、卫生间、室内走道或客厅等不同功能的房间组成，这些不同功能的房间聚合一起才能充分满足人们的饮食起居需要，卫生间不具有独立的利用价值，仅能作为基本登记单元的一部分。
　　　　五、房屋已被依法征收、没收，原权利人申请登记的。
　　　　宪法修正案第13条第三款规定：“国家为了公共利益的需要，可以依照法律规定对公民的私有财产实行征收或者征用并给予补偿。”同时《物权法》第42条也有规定：“为了公共利益的需要，依照法律规定的权限和程序可以征收集体所有的土地和单位、个人的房屋及其他不动产。”征收是国家从被征收人手中取得了所有权，发生了所有权的转移，且根据《物权法》第28条规定：“因人民法院、仲裁委员会的法律文书或者人民政府的征收决定等，导致物权设立、变更、转让或者消灭的，自法律文书或者人民政府的征收决定等生效时发生效力。“即人民政府的征收决定生效时，原属于被征收人的房屋已经成为国家所有，所有权已发生了转移。同样，没收是指强制无偿地收归国有，其所有权也发生了转移。故房屋已被依法征收、没收，原权利人再申请相关房屋登记的，房屋登记机构应当不予登记。