1992年，海协会与海基会在香港就两岸事务性商谈中如何表述坚持一个中国原则的问题进行讨论，后来形成“九二共识”，为海协会和海基会的商谈奠定了基础。
　　　　1993年4月，海协会会长汪道涵和海基会董事长辜振甫在新加坡举行会谈，这是自1949年以来两岸高层人士首次以民间名义进行的公开会晤。这次会晤建立了两岸制度化协商的机制，标志着两岸关系迈出了历史性的重要一步。“汪辜会谈”签署了《汪辜会谈共同协议》等4项协议，推动了两岸经贸往来和民间交流的发展。此后，双方又举行了20多次不同层级的商谈以及1998年在上海举行的“汪辜会晤”。
　　　　1999年李登辉抛出“两国论”后，两会商谈被迫中断。
　　　　2008年3月以后，台湾局势发生了积极变化，两岸关系发展面临难得的历史机遇。海协会、海基会分别改组，并同意在“九二共识”基础上尽快恢复商谈。5月28日，胡锦涛会见率团来访的国民党主席吴伯雄并同他举行会谈。两党领导人会谈达成的重要共识之一，就是尽快恢复两会的交往协商。
　　　　2008年6月12日至14日，海协会与海基会在北京恢复商谈。两会就两岸周末包机、大陆居民赴台旅游议题进行协商并签署协议。两会还就海协会会长陈云林年内率海协会代表团赴台访问并进行两会协商达成了共识。两会成功复谈表明，只要双方秉持建立互信、搁置争议、求同存异、共创双赢的精神，就一定能够不断推动两岸商谈进程，不断取得更多积极成果。
　　　　2008年11月3日至7日，海协会会长陈云林率团访问台湾，两会领导人第二次会谈在台北举行。两会签署了《海峡两岸空运协议》《海峡两岸海运协议》《海峡两岸邮政协议》和《海峡两岸食品安全协议》4项协议。两岸直接通航、通邮即将变成现实。
　　　　2009年4月18日，两会在台北就两会领导人第三次会谈的相关事宜进行预备性磋商并商定：两会于4月25日至26日在南京举行第三次领导人会谈及工作性商谈。